Desde enero de 2013, debido a la mala situación económica que estaba atravesando el Grupo Intereconomía desde un tiempo atrás, muchos trabajadores de Intereconomía abandonaron la cadena y, en otros casos, la cadena se vio obligada a prescindir de ellos debido a las deudas que iba arrastrando. El 1 de enero de 2013, el mexicano se estrena en año nuevo marcando un doblete y asistiendo con un pase de gol en la victoria 0-4 contra el Wigan. El domingo 19 de mayo, el mexicano anota en el último partido como entrenador del escocés Alex Ferguson al frente del United, quedando 5-5 vs el West Bromwich. El 12 de mayo anota contra el Swansea poniendo el marcador 1-0 en la despedida del técnico Alex Ferguson. En el juego ante el Aston Villa sufre una lesión, en el minuto seis del primer tiempo cuando sin tener contacto con ningún oponente, el tobillo izquierdo se dobla y cae al suelo con un intenso dolor evidente, después del partido, Sir Alex Ferguson dijo que había sufrido daños en el ligamento del tobillo y será baja durante cuatro semanas.
Se marcaron 218 tantos en 52 encuentros, arrojando una media de 4,19 goles por partido, mientras que once fueron los debutantes, de los cuales seis accedieron a la fase final y en donde destacó el Eintracht Fráncfort como el mejor entre los debutantes tras alcanzar las final del torneo, siendo hasta la fecha la mejor actuación registrada por un equipo en su primera participación, excluyendo la edición inaugural. Su segundo doblete sería el 21 de noviembre en la victoria 3-1 visitando al Eintracht Frankfurt. El 11 de febrero vuelve a marcar doblete en la goleada de su club 3 a 0 sobre el Eintracht Fráncfort, ocho días después el 17 de nuevo marca dos goles en la victoria 3 a 1 como visitantes en casa del F. C. Augsburgo. El 5 de enero de 2014 anotó un gol en la derrota del Manchester United 1-2 en casa frente al Swansea City, quedando eliminados de la FA Cup.
Hernández volvió a anotar en el siguiente juego en casa del Newcastle United, cuando un disparo de Wayne Rooney fue bloqueado por un defensa y rebotando contra su cuerpo haciendo así su sexto gol. El 18 de agosto de 2015 volvería a Old Trafford para el juego de ida de los plays-off contra el Club Brujas entrando en los últimos 18 minutos en la victoria 3 a 1 de su equipo. El 30 de enero de 2016, en el segundo partido de Bayer después de la pausa de invierno, anotaría doblete en la victoria por 3-0 frente al Hannover 96 para registrar sus 21 goles de la temporada. El 3 de noviembre, marcó su primer gol de la Premier League de la temporada en la victoria 4-2 de West Ham sobre Burnley. El 29 de marzo volvió a anotar lo que sería su tercer gol de la Premier League venciendo 4-1 al Aston Villa. Pierde la final de la League Cup contra el Stoke City.
El miércoles 31 de octubre de 2012, marcó el segundo gol del Manchester en los octavos de final de la Copa de la Liga (Capital One Cup), partido que perdieron ante el Chelsea por marcador de 5-4, quedando, con este resultado; eliminados de dicha copa. Fundada en 1933, la sección de ajedrez reunió a lo mejor de la capital y las instalaciones deportivas del club se convirtieron en el lugar de reunión de los mejores maestros de la época. Terminaría su primera temporada en Alemania con 26 goles en 40 partidos jugados, siendo su mejor temporada en la historia terminando en el cuarto lugar de goleadores con 17 goles. En la temporada 2020-21 estuvo mermado por las secuelas del COVID-19 que superó en octubre. El sábado 24 de noviembre de 2012 entró de cambio al minuto 58 y 13 minutos más tarde se encargó de cerrar el marcador 3-1 en Old Trafford, que le dio los tres puntos al Manchester United sobre el Queens Park Rangers. El 24 de julio de 2017, Hernández se unió al club inglés West Ham United firmando un contrato de tres años.
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